Su debut con la camiseta franjiroja tras su cesión fue el 9 de Agosto de 2013 en la primera jornada de La Liga , con victoria del club al que defendía ; fue un partido especial , debido a la importancia y relevancia del equipo rival en la vida de Saúl , el cual defendió gran parte de su infancia y siendo su padre una pieza clave en dicho club. El jugador ilicitano fue muy importante a la hora de la persecución de la permanencia en primera , el entrenador que por esas fechas dirigía el equipo , Paco Jémez , intercaló posiciones con Saúl de defensa central y mediocentro , gracias a ello creció tanto futbolísticamente como mentalmente ya que suponía una gran responsabilidad .
Su primer gol en esta temporada se produjo en un partido contra el Espanyol , el 24 de Noviembre de 2013
Su cesión en el Rayo Vallecano solo duró 1 temporada pero fue de gran ayuda para el club madrileño , aunque solo anotó 3 goles , fue una etapa fructífera que le contribuyó en su vuelta al Atlético de Madrid .